Fernando de Zárate o bien Hernando de Zárate (m. Charcas, Virreinato del Perú, 1595) fue un militar, gobernador del Río de la Plata y del Paraguay entre 1592 y 1593, luego de 1594 a 1595 y gobernador de Tucumán entre 1593 y 1595. Por las amenazas de los corsarios ingleses, el rey Felipe II de España le ordenó al virrey del Perú, Luis de Velasco y Castilla, marqués de Salinas, que pusiese en defensa a Buenos Aires. Dicho virrey mandó que lo hiciese Fernando de Zárate. El 16 de febrero de 1595 mandó a levantar el Fuerte de Buenos Aires, lo que se considera la tercera fundación de la ciudad. Renunció el 1 de julio de 1595, al ver la miseria que imperaba en los dominios adjudicados. Pertenecía a una familia de ilustre abolengo y gran parentela, caballero de la Orden de Santiago y pariente de los adelantados del Río de la Plata, Juan Ortiz de Zárate, su primo hermano, y Juan Torres de Vera y Aragón. Zárate arribó a Lima en 1561 e hizo fortuna en América, llegando a ser uno de los vecinos más ricos de Charcas.