La Sección Pedagógica del Colegio Nacional de la Universidad Nacional de La Plata le fue confiada al pedagogo Ernesto Nelson, quien se desempeñó en ese cargo de 1910 a 1914. A pesar de su breve estadía en esa dirección tutorial su gestión institucional en el Internado representó un hito altamente destacado por las innovaciones implementadas. Dio predominio a las actividades prácticas en la enseñanza, a la formación de grupos de estudio y a nuevas experiencias de escolarización que toma como ejemplos de otras modernas instituciones secundarias. Además, se implementó el Laboratorio para experiencias a cargo de docentes y alumnos. Nelson fue un impulsor de la filosofía educacional de Dewey, máximo representante de la Escuela Nueva o Educación Progresiva en Estados Unidos. La influencia del filósofo norteamericano en el Colegio Nacional es tomada e implementada por el pedagogo Ernesto Nelson. En el ámbito de las ciencias, el Internado contaba con un excelente equipo de laboratorio, así como una actualizada biblioteca y sala de estudio. También organizó un equipo de fútbol para el desarrollo de la educación física y cooperativa, una innovación curricular que fue rechazada por Víctor Mercante.